一九二七年，北伐大捷，一個期盼了近百年的少年中國似乎近在眼前。四月十二日，國民黨激進派聯合幫派勢力，向紅色陣營發動襲擊，史稱“四一二政變”。僅十二日至十五日，被殺三百余人，被捕五百余人，失蹤五千余人。失蹤者多半是永遠失蹤了，國共第一合作破裂，近代中國再次進入茫茫黑夜。屠先生——分裂勢力中的實干家，以畢生精力把江湖幫會統合成他的暗流王國，曾與紅色陣營合作無間，政變中卻成為極具組織和改革的劊子手，一時如日中天。

一九二七年四月十五日，上海街頭，車水馬龍。

屋塔上一名身負炸彈的紅衣少女靜靜旋轉。她神色冷峻地望著街頭緩緩駛來的轎車。她知道，里面坐著的便是大名鼎鼎的右派勢力屠系掌門——屠先生。突然她將手中炸彈投向漸漸駛近的轎車，隨著爆炸聲撕裂寧靜的上海，街頭巷尾應和般地竄出各路來人展開一系列刺殺屠先生的行動。紅衣少女被槍擊引發身體上的炸彈爆炸。阿卯揮著鋤頭沖向轎車，卻被人攔截，亦自爆于亂斗之中。 原本只是過路人的蘆焱見此忽然激發了心中的正義心和激憤，手持只剩匕尾的匕首沖了過去，然而人剛到車門前這份義憤填膺卻轉瞬被心智崩潰所取代。屠先生手槍指著蘆焱的腦袋，蘆焱不管不顧地擎住屠先生的手臂，發了瘋似的拿斷匕一下又一下地死戳屠先生腹部。刺殺以失敗告終，蘆焱逃離上海，受傷的屠先生對其恨之入骨、大肆通緝，將其列入追殺榜之首，代號“紅先生”。從此，蘆焱多次化名，逃亡9年，尋找容身之所。

一九三六年，西北，烏云密布，北風呼嘯。

蘆焱昏倒在西北荒野中，幸而被附近的村民救醒。喂他喝水的大叔讓他賠償二毛五，只因他跟村民打賭蘆焱會死卻沒想到他活了過來。氣息微弱的蘆焱并未理會，只詢問這里是不是保安。聞言村民們笑話他只說這里是天不管地不管的一棵樹。大叔搜了他身子發現他身上沒有一分錢，便吆喝著兒子回家不再管他，村民們也紛紛離開了。臨走前有位村民問他姓名，他猶豫了半響，答道：“何思齊。”

這天晚上，兩個頭套麻袋和豬圈的人突然挾持蘆焱。蘆焱正準備吃毒藥自盡，對方卻說只是開個玩笑，將蘆焱稱為同志。蘆焱不知是敵是友，只下意識地裝傻充愣。然而對方一人卻將他的秘密一一道出，說有人托他照顧蘆焱，并勸蘆焱趕緊回頭。因為保安在招納進步青年，屠先生的人很容易便能裝扮成進步青年將他綁架。蘆焱卻說無所謂，只求“朝達、聞道、夕死”。那人再三勸阻無效，不知是夸還是嘆地說了一聲“輕狂孟浪”，便將一個小本子交給蘆焱，告訴他這本子便是“種子”，保護種子的人也叫“種子”，并聲稱種子成員組織正式接納了他，讓他老實待在一棵樹等聽到“驚蟄”就有人來找他。蘆焱借口握手將諸葛騾子頭上的豬圈和麻袋掀開了。諸葛騾子說此后都由他來管他，叮囑他拼了命也要保護好種子。蘆焱感覺，這一切就像做夢一樣。

因逮捕紅先生不力，屠先生兩名部下被發配新疆。而與此同時屠先生的得力助手時光不甘于留在上海簽字和發電報，一意孤行地打算身赴非隔離帶——兩棵樹。奉屠先生之命，屠系手下門栓和九富只得緊緊跟隨時光。三年后，穿過大沙鍋地帶，時光帶領手下來到了離延安不遠的共治區——一棵樹。時光對這片之前國民黨無人能入的紅軍蘇維埃地區既感新奇又不以為然，因著屠先生送來的共黨與日寇作戰的武器粗糙至極而不堪一擊。意氣風發的他準備為屠先生在這塊土地上烙上他們的足跡。

留在一棵樹的蘆焱化身為教書先生正教著小孩子們踢球，這時國民黨官派督教巴冬來卻數落他的教具粗糙。蘆焱謙虛說到自己認得幾百個字便濫竽充數一下，巴東來卻痛斥他誤人子弟、誨人不倦。目不識丁的村民們反而對他不屑一顧。因為他整天高談闊論，卻從不教學。

皖南事變后，屠系勢力天目山的雙車老大和若水麾下船家的笑面暴以及中共上海地下黨聯絡人種子成員陳植于一密室秘密商議國共合作的事。屠系勢力與若水勢力雖只是上海灘的兩大勢力幫派，卻也吃著國民黨的官家飯。雙車和笑面暴笑稱陳植為“拉和老陳”。而陳植也不辜負這個稱謂，盡職盡責地從中斡旋，只為勸服兩大勢力與共軍合作一致對抗日寇。屠系與若水本水火不相容，最近卻似乎也勾結起來暗中監視共產黨。陳植小心應付著笑面下的波濤暗涌，發現他們一致圖謀著他手里的”種子“。突然，廳外有人高呼“驚蟄！船家的人！驚蟄！”。隨后那人立即被守在室外的啰啰們亂刀砍死，一下失聲。陳植看了看眼前面上談笑風生的兩人，冷冷一笑，說驚蟄就意味著我方被崛起了至少十個以上的站點，反問他們是不是要同室操戈等著日寇踏平中國。